Geólogo e paleontólogo, nascido em Munique em 23 de Junho de 1841; morto em Viena em 24 de Março de 1900. Ele concluiu com louvor os estudos na Universidade de Munique com uma graduação de Doutor em Filosofia e a publicação de um elaborado trabalho emgeologia, que foi coroado pela universidade. Em 1866 ele se tornou instrutor de paleontologia na Universidade de Munique e ao mesmo tempo ensinou a Princesa Theresa e o Príncipe Arnulf da Bavaria. Embora fosse um excelente professor e especialmente competente no trabalho prático, Waagen, que era um católico muito fiel, tinha poucas perspectivas de obter uma cadeira na Universidade de Munique. Consequentemente, em 1870, ele aceitou a oferta de uma posição de assistente em pesquisa geológica na Índia. A severidade, porém, do clima indiano o obrigou a retornar permanentemente para a Europa em 1875. Em 1877 ele se tornou instrutor na Universidade de Vienna, e lecionou com grande sucesso sobre a geologia da Índia. Em 1879 Waagen foi para a Politécnica Alemã de Praga como professor de geologia e mineralogia; em 1890 ele foi professor de paleontologia na Universidade de Viena; em 1886 ele havia recusado um convite para a escola de minas em Berlim. Ele foi nomeado conselheiro do conselho das minas (Oberbergart), e em 1893 tornou-se um membro correspondente da Academia de Ciências. Os escritos de Waagen antes de sua viagem para a Índia tratam especialmente da Jura Alemã e de seus fósseis. Ele realizou um trabalho de valor permanente na investigação geológica da Índia (o Faixa de Sal) pela apresentação científica de rica paleontologia material. Em 1869, após um estudo exaustivo dos amonóides, Waagen defendeu a teoria da evolução ou mutação para certas séries de fósseis. Na sua juventude ele participou ativamente da vida católica de Munique, e dois anos antes de sua morte ele escreveu um tratado sobre o primeiro capítulo do Gênesis que nos demosntra ambos, o geologista estudado e o cristão devoto.

Waagen foi um dos editores do periódico “Geognostische-paläontologische Beiträge” (Munique), e durante os anos 1894-1900 editor do “Beiträge zur Paläontologie Oesterreich-Ungarns und des Orients” (Viena); após a morte de Barrande (1883) ele editou vários volumes da obra de Barrande “Système silurien”. As obras mais importantes de Waagen são: “Der Jura in Franken, Schwaben und der Schweiz” (Munique, 1864); “Klassification der Schichten des obern Jura” (Munique, 1865); “Die Formenreihe des Ammonites subradiatus” (Munique, 1869); “Ueber die geologische Verteilung der Organismen in Indien” (Viena, 1878); “Das Schopfungsproblem” in “Natur und Offenbarung” (Munster, 1898; como uma publicação separada, 1899); “Gliederun der pelagischen Sedimente des Triassystems” (Viena, 1895). Ele escreveu em inglês: “Fauna Jurássica de Kutch” (1873-6); “Productus Limestone” (1879-91); “Fossils from the Ceratite Formation” (1892).