Nascido no Castelo de Xavier próximo de Sangüesa (Zangoza), em Navarra, 7 de abril de 1506; morto na Ilha de Sanchuão (Shangchuan), próxima à costa da China, 2 de dezembro de 1552. Em 1525, tendo completado um curso preliminar de estudos em seu próprio país, Francisco Xavier foi para Paris, onde ingressou no Collège de Sainte-Barbe. Lá ele conheceu o saboiardo, Pierre Favre, e uma terna amizade floresceu entre eles. Foi neste mesmo colégio que Sto. Inácio de Loyola, que já estava planejando a fundação da Sociedade de Jesus, residiu por um tempo como convidado em 1529. Ele logo ganhou a confiança dos dois jovens rapazes; primeiro Favre e mais tarde Xavier se ofereceram para a formação da Sociedade. Outros quatro, Lainez, Salmerón, Rodríguez, e Bobadilla, tendo se juntado a eles, proferiram os sete juntos o famoso voto de Montmartre em 15 de agosto de 1534.

Tendo completado seus estudos em Paris preenchido o posto de professor lá por um tempo, Xavier deixou a cidade com seus companheiros em 15 de novembro de 1536, e dirigiu seus passos para Veneza, onde ele mostrou zelo e caridade no atendimento aos doentes nos hospitais. Em 24 de junho de 1537, ele recebeu as santas ordens com Sto. Inácio. No ano seguinte ele foi a Roma, e após desempenhar um trabalho apostólico ali por alguns meses, durante a primavera de 1539 ele tomou parte nas conferências nas quais Sto. Inácio se reuniu com seus companheiros para preparar a fundação definitiva da Sociedade de Jesus. A ordem foi aprovada verbalmente em 3 de setembro, e antes da aprovação escrita estar garantida, o que não ocorreu até um ano depois, Xavier foi indicado, por solicitação urgente de João III, rei de Portugal, para evangelizar o povo das Índias orientais. Ele deixou Roma em 16 de março de 1540, e chegou a Lisboa por volta de junho. Lá ele permaneceu por nove meses, dando muitos exemplos admiráveis de zelo apostólico.

Em 7 de abril de 1541, ele embarcou em uma caravela para a Índia, e depois de uma tediosa e perigosa viagem desembarcou em Goa em 6 de maio de 1542. Os primeiros cinco meses ele passou pregando e cuidando dos doentes nos hospitais. Ele andava pelas ruas tocando um pequeno sino, convidando as crianças a ouvirem a palavra de Deus. Quando reunia uma certa quantidade, as levava para alguma igreja e lá explicava o catecismo a elas. Por volta de outubro de 1542, ele começou a se dirigir aos pescadores de pérolas da costa ao extremo sul da península, desejoso de restaurar o cristianismo que, embora tenha sido introduzido anos antes, havia quase completamente desaparecido devido à falta de sacerdotes. Ele dedicou quase três anos no trabalho de pregar ao povo da Índia Ocidental, converteu muitos, e em suas jornadas chegou até mesmo à Ilha de Ceilão (Sri Lanka). Muitas foram as dificuldades e obstáculos que Xavier havia encontrado naqueles tempos, às vezes por causa das cruéis perseguições que alguns dos reis mesquinhos do país empreendiam contra os neófitos, e até mesmo por causa dos soldados portugueses, que longe de apoiar a obra do santo, prejudicavam por seu mau exemplo e péssimos hábitos.

Na primavera de 1545 Xavier passou para Malaca. Ele trabalhou lá durante os últimos meses do ano, e embora tenha realizado uma colheita espiritual abundante, não foi capaz de desenraizar alguns abusos, e tinha a consciência de que muitos pecadores haviam resistido a seus esforços de levá-los de volta a Deus. Por volta de janeiro de 1546, Xavier deixa Malaca e vai para as Ilhas Molucas, onde os portugueses possuíam alguns assentamentos, e por um ano e meio ele pregou o Evangelho aos habitantes de Amboíno, Ternate, Baranura, e de outras ilhas menores que foram difíceis de se identificar. Alguns dizem que durante esta expedição ele desembarcou na ilha de Mindanau, e que por esta razão São Francisco Xavier foi chamado de o primeiro Apóstolo das Filipinas. Mas apesar de esta afirmação ter sido feito por alguns escritos do século XVII, e de que na Bula da sua canonização emitida em 1623, ser dito que ele pregou o Evangelho em Mindanau, até o tempo presente nada foi provado absolutamente a respeito de S. Francisco Xavier ter efetivamente desembarcado nas Filipinas.

Em julho de 1547, ele está novamente em Malaca. Lá ele conhece um japonês chamado Anger (Han-Sir), de quem obtém muitas informações sobre o Japão. O seu zelo se inflama mais uma vez pela ideia de introduzir o cristianismo no Japão, mas naquele momento os afazeres da Sociedade demandavam a sua presença em Goa, para onde ele vai, levando Anger consigo. Durante os seis anos em que Xavier esteve trabalhando entre os infiéis, outros missionários jesuíta chegaram a Goa, enviados da Europa por Sto. Inácio; além disso, alguns dos que haviam nascido no país foram recebidos na Sociedade. Em 1548 Xavier enviou estes missionários para os principais centros da Índia, onde ele havia estabelecido missões, de forma que a obra fosse preservada e continuada. Ele também estabeleceu um noviciado casas de estudo, e tendo recebido na Sociedade o padre Cosme de Torres, um sacerdote espanhol que havia conhecido nas Molucas, começou com ele e com o Irmão Juan Fernández uma campanha no Japão perto do final de junho de 1549. O japonês Anger, que havia sido batizado em Goa e recebido o nome de Pablo de Santa Fé, os acompanhou.

Eles desembarcaram na cidade de Kagoshima no Japão em 15 de agosto de 1549. O primeiro ano inteiro foi dedicado ao aprendizado do idioma japonês e na tradução para o japonês, com ajuda de Pablo de Santa Fé, dos principais artigos da fé e de curtos tratados que eles usariam na pregação e catequese. Quando se tornou capaz de se expressar adequadamente, Xavier começou a pregar e conquistou algumas conversões, porém estas despertaram a má vontade dos bonzos, que conseguiram que ele fosse banido da cidade. Deixando Kagoshima por volta de agosto de 1550, ele penetrou no centro do Japão, e pregou o Evangelho em algumas das cidade do sul do Japão. Próximo ao fim daquele ano ele chegou a Quito (n.d.t.: antigamente chamada Meaco), que era então a capital do Japão, mas ele foi incapaz de fazer qualquer progresso ali por causa das dissensões que ocorriam no país. Ele refez os seus passos rumo ao centro do Japão, e durante 1551 pregou em algumas importantes cidades, formando o núcleo de várias comunidades cristãs, que com o tempo cresceram com extraordinária rapidez.

Após trabalhar por aproximadamente dois anos e meio no Japão ele deixou esta missão a cargo do padre Cosme de Torres e do Irmão Juan Fernández, e retornou a Goa, chegando lá no começo de 1552. Ali problemas domésticos estavam à sua espera. Certas discordâncias entre o superior que havia sido deixado no comando das missões e o reitor do colégio tiveram que ser ajustadas. Isto, contudo, tendo sido resolvido, Xavier voltou seus pensamentos para a China, e deu início a um plano de expedição para lá. Durante a sua estadia no Japão ele ouviu muito sobre o Império Celestial, e embora ele provavelmente não tenha formado uma estimativa apropriada da sua extensão e grandeza, mesmo assim compreendeu quão amplo aquele campo se mostrava para a difusão da luz do Evangelho. Com a ajuda dos amigos ele arranjou uma comissão ou embaixada ao soberano da China, obteve do vice-rei da Índia a recomendação do embaixador, e em abril de 1552, deixou Goa. Em Malaca o grupo encontrou dificuldades, porque os portugueses influentes desaprovavam a expedição, contudo Xavier soube como superar esta oposição, e no outono ele chegava em uma embarcação portuguesa na pequena ilha de Sanchuão próxima à costa da China. Enquanto planejava os melhores meios de chegar até à terra principal, ele ficou doente, e como o movimento da embarcação parecia agravar sua condição, ele foi transferido para a terra firme, onde uma rude cabana havia sido construída para abrigá-lo. Foi nestas condições miseráveis que ele deu seu último suspiro.

É verdadeiramente admirável que um único homem no curto espaço de dez anos (de 6 de maio de 1542 a 2 de dezembro de 1552) tenha visitado tantos países, atravessado tantos mares, pregado o Evangelho e tantas nações e convertido tantos infiéis. O incomparável zelo apostólico que o animava, e os estupendos milagres que Deus operava através dele, explicam esta maravilha, que não encontra igual em lugar algum. A lista dos principais milagres pode ser encontrada na bula da sua  canonização. S. Francisco Xavier é considerado o maior missionário desde o tempo dos apóstolos, e o zelo que ele demonstrou, os maravilhosos milagres que ele realizou, e o grande número de almas que ele trouxe para a luz da verdadeira fé, concedem a ele esta distinção. Ele foi canonizado juntamente com Sto. Inácio em 1622, apesar de em razão da morte de Gregório XV, a bula da sua  canonização não ter sido publicada até o ano seguinte.

O corpo do santo ainda está sepultado Goa na igreja que antigamente pertencia à Sociedade. Em 1614 por ordem de Claudio Acquaviva, superior geral da Companhia de Jesus, o braço direito foi separado na altura do ombro e transferido para Roma, onde o atual altar foi erguido para recebê-lo na Igreja de Jesus (Gesú).